Główną drogę wodną stanowią Martwa Wisła i Motława z Kanałem Kaszubskim i Kanałem Portowym. Na większości dróg wodnych panuje ożywiony ruch różnego typu statków, barek, pchaczy i jednostek białej floty. Należy zachować szczególną uwagę.
Układ dróg wodnych pozwala na zamknięcie wielu "pętli" przy wypłynięciu na wody Zatoki Gdańskiej w trzech miejscach - przez Kanał Portowy przy Westerplatte, w Górkach Zachodnich przez ujście Wisły Śmiałej, bądź w Świbnie przez Przekop Wisły.
Na szlaku Po Wodach Gdańska stykają się wodny śródlądowe i morskie. Dlatego, aby uniknąć możliwych omyłek, oznakowanie śródlądowe jest takie same jak morskie. To ważne, bo na wodach śródlądowych kolory boi mają inne znaczenie. Na morzu lewa strona - kolor czerwony (lub - pława z kulą - środek toru wodnego), prawa strona - kolor zielony. Na śródlądziu - lewa strona - kolor zielony, prawa strona kolor czerwony)! Tak więc pamiętajmy, że oznakowanie śródlądowe zostało dostosowane tu do morskiego.
Ważne wydarzenia dla żeglarzy i wodniaków na szlaku Po Wodach Gdańska w ostatnim dwudziestoleciu:
- Wybudowanie Mariny na Motławie (1997)
- Uregulowanie ujścia Wisły w Górkach Zachodnich
- Rozbudowa przystani Narodowego Centrum Żeglarstwa w Górkach (2006)
- Powstanie przystani Stewa
- Usytuowanie pływającej stacji paliw Lotos na Motławie (2004),
zmiana lokalizacji z północnego brzegu Motławy na brzeg południowy przy Marinie Na Stępce (rok ?), od 2023 stacja prowadzona przez koncern MOL
- Wybudowanie mostu zwodzonego przy śluzie Przegalina (2012)
- Modernizacja i nowe usługi Mariny Gdańsk (2012)
- Regulacja Przesmyku Pleniewo nazywanego także Kanałem Płonia (2015)
- Powstanie przystani Błotnik (2012) i jej rozbudowa (2020)
- Budowa przystani żeglarskich i wodnych - projekt Ożywienie Dróg Wodnych w Gdańsku (2012)
- Oficjalne zezwolenie na cumowanie na Motławie poza Mariną Gdańsk - Nabrzeże Wartka - (2012)
- Remont nabrzeży Wyspy Spichrzów (2014, planowane zakończenie 2015)
- Uregulowanie Przekopu Wisły (planowane zakończenie 2015)
- Rozbudowa przystani Narodowego Centrum Żeglarstwa w Górkach (planowane zakończenie 2015)
- Remont nabrzeży Motławy i udostępnienie miejsc do krótkotrwałego postoju (2016-2017)
- Remont nabrzeży Martwej Wisły i Motławy (2016-2020)
- Przebudowa Kanału Płonia (2014)
- Powstanie przystani Kaper (2015-2016), zmiana właściciela przystani Kaper (~2022)
- Wybudowanie kładki na Ołowiankę przez Motławę (2017)
- Budowa i uruchomienie mostu zwodzonego w Sobieszewie w miejscu pontonowego (2018)
- Uruchomienie przystani Cesarskiej i 77 Racing (2018/2019)
- Budowa kładki na Wyspę Spichrzów (2018-2020) - obecnie (IX 2019) w końcowym stadium budowy
- Budowa przystani kajakowych na Martwej Wiśle i Motławie (2019-2020)
- modernizacja i remont ujściowego odcinka nabrzeży Motławy (2022)
